A Magyar Közlöny 166. számában megjelent szabályozás szerint az új szervezet széles körű felhatalmazást kap a vizek, a levegő, a termőföld és az erdők védelmére. Munkája a biológiai sokféleség megőrzését, a klímavédelmet és az emberi egészség védelmét is szolgálja majd.

A főhatóság jogorvoslati fórumként is működik. A területi hatóságok vitatott döntéseit a bírósági eljárás előtt szakmai szempontok alapján vizsgálhatja felül és korrigálhatja, ami jelentősen felgyorsíthatja az ügyek rendezését.

Az átalakítás egyik legfontosabb eleme az akkumulátorgyártással és az ahhoz kapcsolódó hulladékkezeléssel összefüggő hatósági feladatok központosítása. Az ágazat környezetvédelmi engedélyezése és ellenőrzése kizárólag az új szervezethez kerül, a cél ugyanis az, hogy országszerte egységes és szigorú szakmai gyakorlat érvényesüljön. A főhatóság ezen a téren többek között a katasztrófavédelemmel, a mérésügyi hatósággal és a fogyasztóvédelemmel működik majd együtt.

A szervezet hatásköre a hulladékgazdálkodásra, a természet- és tájvédelemre, valamint az állatvédelemre is kiterjed, továbbá géntechnológiai, erdészeti és vízügyi feladatokat is ellát. Területi szervei közvetlenül az ipari tevékenységek helyszínén ellenőrzik majd a környezethasználatot.

Az intézményrendszer két lépcsőben épül ki. Elsőként, 2027. január 1-jén a központi hivatal és a budapesti szervezet kezdi meg a működését. Ezek átveszik az érintett feladatokat a szaktárcától, a Pest Vármegyei Kormányhivataltól és a Nemzeti Élelmiszerlánc-biztonsági Hivataltól. Ugyanekkor kerülnek az új főhatósághoz a fővárosi és vármegyei kormányhivatalok akkumulátoriparral kapcsolatos ügyei is.

A második ütemben, 2027. július 1-jén a kormányhivatalok környezetvédelmi, vízügyi és erdészeti egységei, valamint a regionális laboratóriumok is beolvadnak az új szervezetbe. Ezzel a lépéssel válik majd teljessé az országos zöldhatósági hálózat.