Az ágazat egyik legnagyobb kihívása a rendszerváltás óta felhalmozódott beruházási lemaradás behozása. Bár a szektorba rövid idő alatt jelentős támogatások érkeztek, a szakemberek arra figyelmeztetnek, hogy a hirtelen jött forrásbőség elhibázott döntésekhez és a vállalatok túlzott eladósodásához vezethet. Csak olyan projektekre szabadna állami vagy uniós támogatást igénybe venni, amelyek valódi üzleti potenciállal bírnak. Ezeknek a fejlesztéseknek külső forrás nélkül is meg kellene állniuk a helyüket. A jövő beruházásai már nem szólhatnak pusztán egyszerű gépbeszerzésekről. Fókuszba az energiamegtakarítást, valamint a hatékonyságot növelő digitalizációt és robotizációt kell helyezni.

A fejlődés másik gátja, hogy a hazai adórendszer jelenleg hátrányosan érinti a feldolgozott élelmiszereket. Míg az alapanyagok kedvezményes áfakulccsal adóznak, a késztermékeket már a legmagasabb általános áfakulcs terheli. Ennek ellenére az élelmiszer-feldolgozás jövőjét egyértelműen a magasabb hozzáadott értékű, kiváló minőségű termékek jelentik. A piaci szereplők közötti összefogás és közös stratégiaalkotás elengedhetetlen. Csak így tudnak a magyar vállalatok alkalmazkodni a megváltozott fogyasztói igényekhez és az import alapanyagok növekvő arányához.

A technológiai korszerűsítés ma már nem pusztán költségcsökkentési célokat szolgál, hanem kényszerű válasz a súlyos munkaerőhiányra is. Az agrárium és az élelmiszeripar bizonyos területei működésképtelenek lennének a harmadik országbeli vendégmunkások nélkül, holott alkalmazásuk sokszor drágább és nyelvi nehézségekkel is jár. A nehéz munkakörülmények és az alacsony bérek miatt a szektor nem vonzó a hazai dolgozóknak. Az automatizáció elterjedésével ráadásul új problémaként jelentkezik a korszerű rendszereket kezelni tudó szakemberek hiánya. Éppen ezért a gépesítés mellett elkerülhetetlen a meglévő munkaerő anyagi és erkölcsi megbecsülése, valamint a hazai szakképzés fejlesztése.

A sikeres nemzetközi szerepléshez a biztos technológiai háttér és az élelmiszer-biztonság mellett elengedhetetlen a tudatos márkaépítés is. Bár vannak kiváló magyar márkák, ezek jelenleg elszigetelten próbálnak érvényesülni. A valódi áttörést egy erős, egységes országimázs kialakítása hozhatná el. Ez a magyar termékeket világszerte a megbízható minőség szinonimájává tehetné. Az exportpiaci terjeszkedést és a kiszámítható üzleti tervezést ugyanakkor folyamatosan nehezíti az árfolyamkockázat. A szakmai vélemények szerint ennek kiküszöbölésére már évekkel ezelőtt be kellett volna vezetni az eurót.